År 2003 infördes elcertifikatsystemet, ett nytt stödsystem för att öka användningen av förnybar el med 10 TWh fram till år 2010. Systemet är teknikneutralt och omfattar olika typer av förnybara energikällor. Det avser att främja den mest kostnadseffektiva, förnybara elproduktionen. Grundprincipen är att producenter av förnybar el får ett elcertifikat av staten för varje mega-wattimme (MWh) som producerats. Samtidigt har leverantörerna en skyldighet att inneha elcertifikat i förhållande till sin försäljning och användning av el. Elcertifikatsystemet anses ha varit ett effektivt styrmedel för att öka elproduktionen i befintliga kraftvärme- och mottrycksanläggningar. Systemet bedöms hittills ha frambringat 5 TWh förnybar el, jämfört med 2002 års nivå. För att göra elcertifikatsystemet mer effektivt och långsiktigt föreslog regeringen en rad förändringar i propositionen 2005/06:154.   Bland annat presenterade regeringen ett förslag om en ny ambitionsnivå på 17 TWh förnybar el till år 2016 jämfört med 2002 års nivå. Det är ett mål som innebär en ökning av den förnybara elproduktionen i Sverige med 12 TWh under perioden 2007-2016. Målet motsvarar ungefär 12 procent av den totala elförbrukningen i Sverige. Riksdagen antog propositionen i juni år 2006. Härigenom har elcertifikatsystemet förlängts fram till år 2030. Det nya elcertfikatsystemet är anpassat för att anläggningar ska få elcertifikat under en period av maximalt 15 år. Elcertifikaten representerar alltså en kostnad för elleverantörerna (som måste köpa certifikat i relation till sin försäljning av el) och en intäkt för den som levererar förnybar el. Kostnaden vältras över på den slutlige köparen av el, konsumenten, som i dagsläget betalar 2½ - 3 öre/KWh i elcertifikatsavgift. Inte heller staten blir lottlös, konsumenten måste betala moms på avgiften.,